China Southern Airlines wurde 1989 gegründet, nachdem die Regierung beschlossen hatte, die Flugbehörde in insgesamt 4 Fluggesellschaften aufzuteilen - darunter eben auch China Southern Airlines. Nachdem 1994 die chinesische Regierung ausländische Investitionen erlaubte, kamen China Southern und die US-amerikanische United Airlines ins Gespräch. Drei Jahre später ging die Fluggesellschaft an die Börsen in Hong Kong, New York und Shanghai.
Im Jahr 2000 wurde Zhongyuan Airlines aufgekauft, ein Jahr später folgten China Northern Airlines und Cina Xinjiang Airlines. Dadurch wurde China Southern Airlines einer der „Großen Drei“ Fluglinien des Landes.
2007 trat man der Luftfahrtallianz SkyTeam bei.